따라서 유통구조에 있어 부가세 누락의 문제는 개선돼야 하며, 철저한 부가세 납부가 이뤄져야만 목재 도소매 가격의 유통 질서가 무너지지 않게 되고 이렇게 되기 위해서는 중간 유통상 및 목재 최종 소비자의 부가세 납부 원칙이 선행돼야 한다.

시공사 공사든 건축주 직영 공사든 재료 구매자는 자재상에게 부가세를 납부해야 한다. 부가세는 물건을 사간 사람이 부가가치를 창출하기 위해 물건을 사간 것이기 때문에 부가세 납부 의무가 있다. 그러나 시공사 공사의 경우 건축주는 자신이 부담하는 비용이 높아진다는 이유로 부가세 납부를 회피하고, 건축주 직영 공사일때는 건축주와 고용한 빌더 사이에 암묵적 합의를 통해 재료 구입에 있어 세금영수증 수취를 거절하는 일이 일어나고 있다.

문제는 부가세 납부 회피의 문제가 단순히 개인과 회사가 매입과 매출을 했다는 거래 차원에서 벗어나 그들이 산 재료가 어떻게 유통되고 거래되고 있는지에 대해 감시권에서 벗어나는 일이자, 재료 구매자가 목재에 다시 마진을 붙여 판매해 이익을 얻거나 하는 등의 도소매 가격의 유통 질서 붕괴를 가져올 수 있게 된다.

건축주가 시공사에 의뢰할 때 부가세를 납부하지 않으면 시공사가 자재상에게 자재 구매를 함에 있어 정당한 가격이 지불될 수 없고, 이렇게 되면 좋은 재료가 집 짓는 현장에 들어갈 수 없게 된다. 건축주 직영 공사의 경우 빌더가 재료 구매를 할 때 개인들은 세금계산서에 사업자등록증 또는 주민등록번호 기재가 필수적 기재사항인데도 불구하고 개인들은 신분을 밝히고 있지 않다.

그러나 이러한 일들이 개선되지 않고 반복해서 일어난다면 부가세 탈세를 통해 누군가는 이익을 얻게되고 이 시장은 자꾸만 문란해질 수 밖에 없다. 또한 세금계산서 발행은 최종 소비자인 목조주택 건축주가 나중에 건물을 되팔 때 건물을 지었을 당시 구입했던 재료에 대한 현금영수증 등의 증빙서류를 모아둬야만 추후에 양도세 감면과 같은 세금 혜택이 있음을 인지해야 한다.

부가세는 목재 뿐만 아니라 모든 상업 제품에 대해 부과하는 세금이며 목재처럼 사용용도가 명확한 제품은 부가세 납부를 정확히 해야만 시장 질서를 바로 잡을 수 있다. 따라서 목재 재료의 구매자, 나아가서는 목재 최종 소비자는 부가세 납부 의무를 준수해야 하며 나아가서는 건축주 직영공사에 대한 제도 보완이 필요하다.