환경엔지오들은 산림경영의 개선을 중시하고 있는 반면, 소매업자와 임산업체들은 인증된 목재의 시장접근 확보를 중시하는 경향이 있다.

그러나 쌍방의 목적이 달성되지 않고는 목재인증제의 실질적인 성공은 기대하기 어렵다. 또한 목재인증제는 산림경영의 투명성 제고, 로얄티·세금 등의 효율적인 회수, 산림경영을 위한 이용가능한 자금의 증액, 임산물 생산 비용으로의 환경비용의 내부화, 산림으로부터 소비자에게 이르기까지의 모든 생산공정 등에 있어 생산력 증대와 비용 절감 등 이차적인 목적도 갖고 있다.

지속가능한 산림경영에 있어서 목재인증은 필요조건도 충분조건도 아니며 지속가능한 산림경영의 달성을 위한 보완적인 역할을 수행한다. 정책수단으로서의 목재인증은 자발적인 시장에 기초한 도구 중의 하나이며, 구체적인 사회적 목적을 달성하기 위해 구속력을 지니는 규제나 조세정책과는 달리 유연한 정책수단의 하나라 할 수 있다.

이러한 목재인증제가 원활한 시장도구로서 기능하기 위해서는 여러 가지 가정이 성립되어야 한다. 첫째, 환경 및 사회적 속성에 의한 동일한 제품의 차별화가 소비자의 구매패턴에 영향을 줄 수 있어야 하며 둘째, 차별화를 통해 발생하는 소비자가 지불하는 가격에 대한 프리미엄이 생산자에게 경영시업을 개선토록 하는 경제적 인센티브로서 작용하여 생산자의 행태에 영향을 줄 수 있어야 한다. 또한 환경친화적인 산림시업에 의해 제공되는 환경 및 사회적 편익이 내부화되어 임업부문의 효율성 및 경쟁력이 향상될 수 있어야 한다.

목재인증제의 주창자들은 목재인증제가 지속가능한 산림경영을 촉진시키고, 동시에 소비자가 지속가능하게 경영된 산림에서 생산된 제품과 그렇치 않은 제품을 구별할 수 있게 한다고 주장한다.

생산자를 신뢰케 하는 수단이 될 수 있으며 개별소유자에게 산림관리를 개선하는 시장에 기초한 인센티브를 제공할 수 있고 무역차별 없이 잘 관리된 산림으로부터 생산된 목재에 대한 소비자의 수요를 충족시킬 수 있으며, 산림이용과 관련된 다양한 인자를 모니터링하는 메커니즘이 될 수 있다고 주장하고 있다.

그러나 목재인증제에 대한 반대론자들은 인증제 임산물에 대한 추가적인 수요에 대한 증거가 없으며 단지 작은 틈새시장에서만 인증목재에 대해 더 많은 가격을 지불코자 하며 생산 및 유통비용에 대한 목재인증제의 영향이 소비자시장에서 목제품의 경쟁력을 감소시킬 수 있고, 목재인증제가 비록 지속가능한 산림경영을 필요조건으로 요구하고 있으나 지속가능한 산림경영에 충분조건은 아니라고 주장한다.

목재인증은 지속가능한 산림경영에 대한 인증표준, 인증기관의 인정, 산림경영에 대한 인증, Chain-of-Custody 입증, 임산물에 대한 라벨부착 등을 구성요소로 하고 있다.

원목과 같이 Solid Wood 제품은 그 제품 원자재의 100%가 FSC에 의해 인증된 산림에서 생산된 목재인 경우에만 FSC 로고가 부착된다. 그러나 가구, 악기, 합판, Laminated 제재목, 재생보드류, 칩, 펄프, 종이류 등은 재적 혹은 무게에 기초하여 최소한 70%의 인증목재를 사용해야 하고, 재활용제품은 75%까지 재활용화이버를
사용할 수 있고 나머지 원자재 중 최소한 70%의 인증목재를 사용해야 FSC로고를 제품에 부착할 수 있다. 이와 같이 제품의 원자재 중 이용비율에 의해 FSC로고를 제품에 부착하는 방식을 Percentage-Based Claims라고 한다.